Es una de las cosas más molestas cuando tienes que pasar el código a otra persona fuera del repositorio es el tener que andar limpiando la cantidad de ficheritos o carpetas que incluye el repositorio para su gestión.
Así que una de las cosas que le pido a un sistema de control de versiones es que estos ficheros internos no estén dispersos por todas las carpetas.
En este aspecto, tanto el git como el Rational Team Concert son los mejores, ya que solo utilizan una carpeta en el raíz del proyecto.